
שלושת האסירים
העיסוק בתיקון ההתנהגות הקלוקלת נתפס בעיני ר' בונים כחסר תוחלת וכמקטין את האישיות. הפתרון נעוץ דווקא בהגדלת כוחות הנפש והאישיות של האדם.
לאחר מותו של רבי אורי מסטרליסק בא אחד מחסידיו להידבק בתורתו של רבי בּוּנים מפְּשיסחָה. שאל אותו ר' בונים: "באיזו דרך לימד אתכם רבכם את עבודת השם ואת דרכי החסידות?"
השיב לו החסיד כי כל אדם שבא אל ר' אורי – אפילו היה זה רב גדול או עשיר גדול – היה מוכרח לסחוב שני כדי מים גדולים מן השוק ולעשות עוד מלאכות בזויות כדי לשבור את הגאווה וללמוד ענווה.
אמר לו רבי בונים: "אספר לך מעשה שהיה. פעם אחת גזר המלך עונש מאסר על שלושה אנשים. שניים מהם היו חכמים ואחד היה שוטה. השלושה ישבו במאסר בתא שהוא בור חשוך ואפל, ובכל יום היו מכניסים לבור האפל אוכל ושתייה. בגלל החשכה לא יכול השוטה להבחין בין כלי האכילה ולא ידע להשתמש בהם. כשקיבל כף, למשל, חשב שזאת קערה.
אחד משני החכמים שחלקו את התא עם השוטה החליט ללמד אותו לזהות כל כלי, אבל בכל פעם היה על החכם ללמד את השוטה לזהות את הכלים מחדש, כי בכל ארוחה הם קיבלו כלים בעלי צורה שונה. החכם השני היה יושב ושותק ולא לימד את השוטה דבר.
פעם אחת שאל החכם הראשון את החכם השני: "מדוע רק אני טורח ומלמד את השוטה? מדוע לא תעזור גם אתה?"
השיב החכם השני: "אתה מטריח את עצמך ללמד אותו בכל פעם משהו חדש, וכל טרחתך לשווא כי בכל יום מחליפים את הכלים, וכל מה שלימדת אותו אתמול איננו משמש אותו היום.
בינתיים אני יושב ומתבונן כיצד לחתור חתירה ולפרוץ חור בקיר הבור כדי שיחדור לכאן אור השמש, ואז יוכל השוטה לראות בעצמו ובלי כל עזרה."
ניתן למצוא בסיפור ניגוד בין שני כיוונים בפיתוח נפש האדם ובעבודת השם. רבי אורי האמין במאמץ סיזיפי ויומיומי לתיקון מידות הנפש. רבי שמחה בונים לעומתו, שהיה ידוע כ"חכם" והאמין בלימוד ובקניית חכמה, חשב שהתיקון הוא החכמה, והחכמה היא האור. כמו במשל המערה של אפלטון גם רבי בונים הציע את ההתבוננות וההבנה כ"אור" שיסייע לשוטה.
זווית נוספת שאפשר לקרוא בסיפור היא איך לסייע לאדם הזקוק לעזרה :
האחד מטפל בנזקק,וכמעט ש"מאכיל אותו בכפית" והשני עסוק בליצור פתרון, שיהפוך אותו לעצמאי.

ירעם נתניהו
ירעם נתניהו הוא עורך ומרצה לשון; כותב ומפתח במטח (המרכז לטכנולוגיה חינוכית).
כדי לשנות את המציאות, טוען אחד החכמים במשל, צריך להכניס אור מבחוץ אל הנפש פנימה. זו גם גישתו של רבי בונם, שמציעה מענה כוללני ולא חד-פעמי לשיפור עבודת השם של החסידי
בסיפור מציע רבי בונם כיצד להטמיע בבני אדם שינוי מהותי-מערכתי ולא שינוי קוסמטי-נקודתי.
הרב של החסיד שבא אל ר' בונם מספר לו שרבו ניסה ללמד את מידת הענווה ולנטוע באנשים שפלות. וזו הייתה שיטתו: הוא היה נותן לאנשים שבאו לבקר אותו – בלי הבדלי מעמד, הן לרב נכבד הן לעשיר גדול, לבצע מלאכות בזויות, כמו נשיאת כדי מים מהשוק. רבו האמין כי אחרי המעשים נמשכים הלבבות, וכי אם יבצעו פעולות בזויות ושפלות תיעשה נפשם שפלה, וכך ירכשו את מידת הענווה.
רבי בונם חולק על הגישה של אותו הרב ומציע שיטה אחרת. שיטתו מבקשת לתת מענה מערכתי-כוללני ולא מענה נקודתי "חד-פעמי". כדי להסביר את שיטתו הוא נעזר במשל על שני חכמים וטיפש. חכם אחד פועל על פי השיטה של רבו של החסיד – באפלה שבבור החכם מלמד שוב ושוב את הטיפש מהו כלי המאכל שקיבל הפעם, וכך מספק לו מענה נקודתי שבעזרתו אותו טיפש יודע כיצד להכניס מזון לגופו באותה ארוחה. החכם האחר עסוק בפתרון כוללני לבעיה של הטיפש. הוא מציע להכניס אור מבחוץ אל הנפש פנימה – אל הבור האפל – וכך לשנות את המציאות. הכנסת אור השמש פנימה היא למעשה בקשה להביט החוצה אל אור הבריאה, ומול האין-סוף הזה יידע האדם את הדרך לעבודת השם ויקבל מזון רוחני בקביעות.
דברי ר' בונם מזכירים את גישת הרמב"ם לאהבת הבורא ויראתו ולהשגת המטרה של קטנות האדם ושפלותו:
"והיאך היא הדרך לאהבתו ויראתו, בשעה שיתבונן האדם במעשיו וברואיו הנפלאים הגדולים, ויראה מהם חכמתו שאין לה ערך ולא קץ, מיד הוא אוהב ומשבח ומפאר ומתאווה תאווה גדולה, לידע ה' הגדול. כמו שאמר דוד: 'צָמְאָה נַפְשִׁי לֵאלֹהִים לְאֵל חָי'. וכשמחשב בדברים האלו עצמן, מיד הוא נרתע לאחוריו ויודע שהוא בריה קטנה שפלה אפלה עומדת בדעה קלה מעוטה לפני תמים דעות. כמו שאמר דוד: 'כִּי אֶרְאֶה שָׁמֶיךָ מַעֲשֵׂי אֶצְבְּעֹתֶיךָ… מָה אֱנוֹשׁ כִּי תִזְכְּרֶנּוּ…' ולפי הדברים האלו אני מבאר כללים גדולים ממעשה ריבון העולמים, כדי שיהיו פתח למבין לאהוב את ה', כמו שאמרו חכמים בענין אהבה, שמתוך כך אתה מכיר את מי שאמר והיה העולם" (הלכות יסודי התורה, פרק ב הלכה ב).
יש לשים לב שרבי בונם לא ראה בגישה הראשונה גישה טיפשית. גם הוא ראה בה גישה חכמה, אלא שלשיטתו אין בה מענה אמתי לבעיית הגאווה. דרך הלימוד של האחד היא בבחינת "כוונתך רצויה אבל מעשיך אינם רצויים", לכן מי שמייצג במשל את הגישה הזאת נקרא אף הוא "חכם".
ואולי אפשר לראות בהגדרה "חכם" מעין ביקורת סמויה על אנשים שאחרים חושבים שהם חכמים, אבל בפועל הם נוהגים לא בחכמה, ושיטותיהם פותרות בעיה נקודתית בלבד.
ר' בונם גם לא טען שהחכם האחר מזיק במתכוון להבאת האור, אלא שהוא נמצא בעיצומו של תהליך חיפוש, עיון והתבוננות: "על זה אני יושב ומתבונן איך לחתור חתירה בהכותל להיות זורחת אור השמש בפה ואז יראה הכל."